Педагогический факультет был организован в Институте одним из первых. Краткий курс по педагогике был прочитан еще на Богословско-катехизаторских курсах. В 1992 году факультет принял студентов дневного и вечернего отделения. В течение нескольких лет факультет готовил законоучителей для младшей и средней школы на базе направления «Педагогика». В 1998 г. Институт получил аккредитацию по данному направлению. К этому времени расширяется программа подготовки на Педагогическом факультете. Уже с 1993 г. на дневном отделении факультета стали готовить учителей средней и старшей школы (по специальностям «Филология» и «История»), а в 1994 г. от Педагогического факультета отделился Историко-филологический факультет, на который перешли эти две специальности. Деканом обоих факультетов оставался профессор А. М. Камчатнов. В 1996 г. деканом Педагогического факультета был назначен кандидат педагогических наук иеромонах Киприан (Ященко), возглавляющий факультет по сей день. Тогда же на дневном отделении факультета была открыта подготовка учителей начальной школы по специальности 031200 - Педагогика и методика начального образования. В следующем, 1997 г., факультет начал подготовку студентов вечернего отделения по специальности 031300 – Социальная педагогика. На заочном отделении в основном сосредоточилась подготовка бакалавров Педагогики, а с 2005 года - специалистов в области социальной педагогики.

Свою миссию факультет видит в возрождении традиций христианского педагогического служения. На образовательном уровне эта задача конкретизируется, с одной стороны, как формирование новой научной и учебной области - православной педагогики, с другой стороны - как выяснение православного мировоззренческого подхода в уже существующих педагогических областях. Так, весьма актуальной представляется разработка и внедрение курса христианской антропологии, соответствующая переработка современных психологических практик, разработка православного подхода к особенностям воспитательной работы с детьми дошкольного, младшего школьного, подросткового и юношеского возраста и другое.

Следует отметить, что в современных условиях потери нравственных ориентиров и деградации личности делаются многочисленные попытки возродить традиционную для русского народа систему ценностей в педагогике, привести обучение детей к христианским нравственным нормам. Все чаще совокупность эстетических и нравственных ценностей, литературных и исторических традиций объединяется в так называемых курсах Православной культуры, разнообразных по своему составу, методике, привлекаемому материалу - в зависимости от конкретных особенностей образовательного учреждения, категорий преподавателей и учащихся. Очевидно, учебно-методические материалы, организационные формы и способы обучения, наработанные таким образом буквально по всей стране, должны быть собраны и приведены в систему для дальнейшего целенаправленного использования. Одним из результатов такой работы должен стать курс "Основы православной культуры" для общеобразовательной школы, работа над которым в настоящее время интенсивно ведется в разных образовательных структурах. Можно говорить также о систематизации подобных курсов в негосударственных школах, о совершенствовании содержания, методики и направлений образовательной деятельности приходских учебно-воспитательных учреждений и т. д.Расширение образовательной сферы новыми дисциплинами и направлениями на практике предполагает подготовку соответствующих преподавателей, в первую очередь - путем повышения квалификации и переподготовки преподавателей, введения соответствующего дополнительного образования и т.д. В настоящее время в России складывается система подготовки и переподготовки педагогических кадров для преподавания курса "Основы православной культуры", в становлении которой принимают участие и преподаватели Педагогического факультета. В то же время, главную роль играет основная вузовская подготовка соответствующих специалистов.

Так, в рамках специальности «Педагогика и методика начального образования» на Педагогическом факультете ПСТГУ студенты получают дополнительную специализацию «Основы Православной Культуры в начальной школе». В рамках преподавания дисциплин, преподавателями Педагогического факультета разработаны такие курсы, как «Методика преподавания Основ Православной Культуры», «Наглядные пособия на уроках Основ Православной Культуры» и другие. Аналогичные курсы предлагаются в качестве вузовского компонента учебного плана и для студентов, обучающихся по специальности «Социальная педагогика» с целью вовлечения данной категории педагогических работников в деятельность по преподаванию "Основ Православной Культуры" в общеобразовательной школе.

Студенты и выпускники Педагогического факультета ПСТГУ также принимают активное участие в деятельности современных воскресных школ, занимаясь в них, в основном, педагогической деятельностью. С целью их обеспечения соответствующими методическими умениями на Педагогическом факультет организуются спецкурсы и семинары по проблемам методики преподавания Закона Божия в воскресных школах.

В сентябре 2005 года произошло знаменательное событие -  у педагогического факультета появилось официальное еженедельное издание "Воскресная газета Покров" (в недавнем прошлом это была газета под названием "Воскресная школа"). Главным редактором газеты является иеромонах Киприан (Ященко) - декан педагогического факультета ПСТГУ. Газета уникальна тем, что это - единственное еженедельное православное издание для педагогов, родителей и студентов и первый в России церковный еженедельник. "Воскресная газета Покров" издается с 1997 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия и является официальным изданием Координационного Совета по взаимодействию Министерства образования РФ и Московской Патриархии Русской Православной Церкви. Пока это единственная в России массовая образовательная православная газета для школ, педагогов и родителей, желающих воспитывать своих детей в духе христианского благочестия. Подписной индекс газеты в каталоге Роспечати на 2005 год - 25941. Подписку можно оформить во всех почтовых отделениях на срок от одного месяца до полугода.