Согласно благословению Святейшего Патриарха Алексия II «сосредоточить работы по исследованию истории Русской Православной Церкви ХХ века в Православном Свято-Тихоновском богословском институте», с 1992 г. фундаментальные исследования по Новейшей церковной истории на Богословском факультете ведутся в рамках Научно-исследовательского отдела Новейшей истории Русской Православной Церкви (далее Отдел).

Заведующий Отделом: ректор ПСТГУ, профессор протоиерей Владимир Воробьев.

Заместитель заведующего Отделом: иерей Александр Мазырин.

В штате отдела 32 сотрудника.

Виды научной деятельности Отдела:

1. Изучение архивных и опубликованных документов и других источников с целью создания целостной картины истории РПЦ ХIХ–ХХ веков на основе выработанных отделом методологических принципов и подходов к изучению источников. Проведение теоретических исследований в области истории РПЦ с привлечением знаний из других дисциплин: богословия, истории России, архивоведения, юридических наук, текстологии и др.
2. Написание монографий и статей по новейшей истории РПЦ, участие в научных конференциях. Подготовка научных изданий документов новейшей истории РПЦ, в том числе в сотрудничестве с другими организациями.
3. Формирование собственного архива документов Новейшей истории РПЦ.
4. Подготовка издания «Вестника ПСТГУ», серия II: «История. История РПЦ».
5. Организация работы секции «Актуальные проблемы истории РПЦ в ХХ веке» ежегодной Богословской конференции ПСТГУ, а также других конференций ПСТГУ по профилю Отдела.
6. Сотрудничество с государственными, ведомственными и частными архивами на предмет выявления в их фондах документов, имеющих отношение к новейшей истории РПЦ.
7. Сотрудничество с кафедрой информатики ПСТГУ в работе над базой данных «За Христа пострадавшие».
8. Содействие учебному процессу на кафедре Истории Русской Церкви, консультирование и научное руководство студенческими и аспирантскими работами, привлечение студентов и аспирантов к исследованиям, проводящимся Отделом.
9. Формирование научной церковно-исторической библиотеки, работа над библиографической базой данных по новейшей истории РПЦ.

Приоритетные направления научно-исследовательских работ Отдела:

1. Жизнь и служение святителя Тихона, Патриарха Московского и всея России.
2. Новомученики и исповедники Российские. Видные церковные деятели ХХ века.
3. Проблемы церковно-государственных отношений новейшего периода.
4. Внутренние конфликты в Русской Церкви в ХХ веке (в России и русском зарубежье).