Научные:

• Прот. А.Емельянов, Небольсин А.С. Кассиан (Безобразов), еп. // ПЭ, т. 31, с. 508-520.
• Афонские письма епископа Кассиана (Безобразова). Вступительная статья, публикация и комментарии. // Вестник ПСТГУ, Серия «История, история РПЦ». 2013, II :3 (52). С. 81-125. http://pstgu.ru/download/1379588122.6Kassian.pdf
• «Иоанновская Пятидесятница» в работах архим. Кассиана (Безобразова) и прот. Сергия Булгакова // Вестник ПСТГУ, Серия «Богословие. Философия». 2013, I: 5 (49). С. 7-25. Электронная версия http://pstgu.ru/download/1386322047.1Emeljanov.pdf 
• Трактат блаженного Августина «О согласии евангелистов» как важнейшее свидетельство традиции евангельской гармонизации // Современная библейская наука и предание Церкви: Материалы VII Международной богословской конференции Русской Православной Церкви. М.: ОЦАД, 2017. сс. 307 – 319.
• Рец. на кн.: Bauckham R. The Christian World Around the New Testament. Collected Essays II. Tübingen: Mohr Siebeck, 2017 (Wissenschaftliche Untersuchungen zum Neuen Testament; 386). X, 757 p. // Вестник ПСТГУ. Серия I: Богословие. Философия. Религиоведение. 2019. Вып. 84. С. 138-142 Электронная версия http://periodical.pstgu.ru/ru/pdf/article/6910

Учебно-методические:

• Введение в Новый Завет (Четвероевангелие) // Рабочая программа дисциплины. М.: ПСТГУ, 2012.
• Методическое приложение к изданию: Кассиан (Безобразов), еп. Христос и первое христианское поколение / Епископ Кассиан (Безобразов). – 5-е изд., испр. и перераб. М.: Изд-во ПСТГУ, 2019.
• Введение в Четвероевангелие (учебное пособие). М.: ПСТГУ, 2019 (3 изд., исп. и доп.).
• Евангельский Синопсис (учебное пособие) / Сост. Прот. А. Емельянов. М.: ПСТГУ, 2020 (7 изд.)
  

Доклады:

• Попытка разработки новой методологии в диссертации епископа Кассиана (Безобразова). Доклад в Санкт-Петербургской православной духовной академии на IV Международной научно-богословской конференции «Актуальные вопросы богословских исследований». 4 октября 2012 года.
• Афонская рукопись епископа Кассиана (Безобразова). Доклад на ежегодной Международной богословской конференции ПСТГУ. 2015 г.
• Молитва Господня о Боге: еще раз о «хлебе насущном». Доклад на ежегодной Международной богословской конференции ПСТГУ. 2016 г.
• Противоречит ли Библия науке? Доклад на ежегодных епархиальных чтениях в Архангельске. 2 ноября 2016 г.
• Дискуссия о способе пребывания Христа в мире после Вознесения: прот. Сергий Булгаков vs архимандрит Кассиан (Безобразов). Доклад в Санкт-Петербургской Духовной Академии на IX Международной научно-богословской конференции «Актуальные вопросы современного богословия и церковной науки». 29 сентября 2017 г.
• Усыновление как образ спасения в Новом Завете. Взгляд русских богословов в изгнании. Доклад в Санкт-Петербургской Духовной Академии на X Международной научно-богословской конференции «Актуальные вопросы современного богословия и церковной науки». 26 сентября 2018.
• Новозаветное толкование святителя Феофана Затворника в наследии епископа Кассиана (Безобразова). Доклад на Пленарном заседании Всероссийской Покровской академической научной богословской конференции «Актуальные вопросы экзегетики и герменевтики Священного Писания». Московская духовная академия. 13 октября 2018 г.
• Судьба творения в эсхатологическом свершении: верил ли еп. Кассиан (Безобразов) в апокатастасис? Доклад на VIII Иеронимовских чтениях. Общецерковная аспирантура и докторантура. 6 декабря 2018 г.
• Святой апостол Павел о вере в послании к Евреям 11:1. Доклад на III семинаре Сообщества преподавателей и исследователей Священного Писания в СПбДА 16 декабря 2019 г.
  

Публицистика:

• Евангелие от Иуды // Комментарий свящ. Алексия Емельянова // Радонеж. Православное обозрение. № 4 (167), 2006. С. 8-9.
• Пророки и пророчества Библии // Фома. 2012, № 4. С. 18-24.
• Мацан К. Чудо. Свидетельства и опыт православных священников. Никея, 2018
  
• Сокровенный сердца человек. Книга о Николае Евгеньевиче Емельянове. М.: ПСТГУ, 2020
  

Интернет-публикации:

• Что такое милосердие? // Нескучный сад, 2001, № 1. http://www.nsad.ru/articles/chto-takoe-miloserdie Дата обращения 27.11.2012.
• Комментарий свящ. Алексия Емельянова по поводу публикации "Евангелия от Иуды" // http://pstgu.ru/news/university/2006/04/11/5943/ дата обращения: 27.11.2012.
• Отец был великий труженик // http://www.pravmir.ru/protoierej-aleksij-emelyanov-o/ 19.01.2011. Дата обращения 27.11.2012.
• Протоиерей Всеволод Шпиллер: предстояние в любви. О священнике, духовнике, настоятеле вспоминают его духовные чада. http://pstgu.ru/news/tech_notice/2011/01/19/27176
• Адам согрешил, а я здесь причем? http://pstgu.ru/news/smi/2019/03/19/80054/ Дата обращения 14.05.2019
• Церковное пение мы не мыслим в отрыве от богослужения. https://pstgu.ru/actual/gumanitarnoe-obrazovanie/tserkovnoe-penie-my-ne-myslim-v-otryve-ot-bogosluzheniya/ Дата обращения 16.12.2020