Еще на заре существования Православного Свято-Тихоновского Богословского института, в 1992 г., Святейший Патриарх Алексий II благословил передать в ПСТБИ архив Синодальной комиссии по реабилитации репрессированного духовенства и мирян Русской Православной Церкви и «сосредоточить в Институте работы по исследованию истории Русской Православной Церкви XX века». Эти исследования поначалу осуществлялись руководимой протоиереем Владимиром Воробьевым группой энтузиастов. Постепенно круг проводимых работ и привлеченных к ним лиц расширялся и в 1997 г. в ПСТБИ был образован отдел новейшей истории, который возглавил сам ректор Института (с 2004 г. – Университета).

По просьбам протоиерея В. Воробьева в формируемый церковно-исторический архив ПСТБИ были переданы ценные документы из ряда частных собраний, самым значительным из которых стало наследие замечательного церковного историка М. Е. Губонина (1907-1971). Первой публикацией важнейших документов из собрания Губонина стала книга «Акты Святейшего Патриарха Тихона и позднейшие документы о преемстве высшей церковной власти 1917-1943 гг.», выпущенная в свет издательством ПСТБИ в 1994 г. Она положила начало многотомной серии «Материалы по новейшей истории Русской Православной Церкви». Книга стала одним из самых цитируемых церковно-исторических изданий, фактически без этого труда не может сегодня обойтись ни один исследователь новейшей истории Русской Церкви.

В архив М. Е. Губонина, переданный ПСТБИ, вошли также разнообразные материалы о Святейшем Патриархе Тихоне, которые историк с любовью и самоотверженностью собирал на протяжении всей своей жизни. Ко всем материалам он составлял комментарии, являющиеся ценнейшими произведениями церковно-исторической мысли эпохи советского безвременья. Эти материалы и комментарии к ним были оформлены в многотомный машинописный труд «Современники о Патриархе Тихоне». В 2007 г. из печати вышли первые два тома этого обширного труда, снабженные необходимым научным аппаратом в исполнении старшего научного сотрудника отдела Н. А. Кривошеевой. В 2012 г. был издан самый развернутый из комментариев Губонина, посвященный преемнику Патриарха Тихона Патриаршему Местоблюстителю митрополиту Петру, выразительно озаглавленный его автором «Кифа». Публикуя материалы М. Е. Губонина, сотрудники отдела дополняют их новооткрытыми документами, которые в советское время церковным историкам были недоступны. В ряде случаев оставленные Губониным наработки потребовали весьма существенных дополнений, примером чего может служить изданный ПСТГУ в 2006 году фундаментальный труд «История иерархии Русской Православной Церкви. Комментированные списки иерархов по епископским кафедрам с 862 г.» (в возглавленный протоиереем В. Воробьевым научный коллектив по подготовке этого издания вошли П. Н. Грюнберг, Ф. А. Гайда, Н. А. Кривошеева и др.)

Церковно-исторические исследования эпохи гонений ХХ века предполагают сегодня сбор и обобщение ранее засекреченной информации, для чего сотрудниками отдела ведется большая работа в центральных и региональных архивах (включая ведомственные). Особое место среди источников по новейшей истории Русской Церкви занимают следственные дела репрессированного духовенства и мирян, хранящиеся, по большей части, в архивах ФСБ РФ. Значительные усилия в работе с такого рода источниками были предприняты старшим научным сотрудником отдела Л. А. Головковой (особенно в отношении пострадавшим на Бутовском полигоне, где в 1937-1938 гг. шли массовые расстрелы осужденных). К пятилетию ПСТБИ в 1997 г. была выпущена книга «За Христа пострадавшие» - биографический справочник о многих тысячах пострадавших за веру в годы богоборчества. Сведения о пострадавших, выявленные в архивах и других источниках, с начала 1990-х гг. вносятся в разработанную под руководством профессора Н. Е. Емельянова электронную базу, в которой собрана информация уже примерно о тридцати пяти тысячах подвергшихся репрессиям священнослужителях и мирянах Русской Церкви. По своей полноте эта база данных о пострадавших за веру не имеет аналогов ни в России, ни за рубежом. Еще одним крупным научным проектом отдела стало издание следственного дела патриарха Тихона, осуществленное в 2000 г. в сотрудничестве со специалистами Центрального архива ФСБ.

К настоящему времени сотрудниками отдела подготовлены и изданы уже десятки сборников документов и монографий, сотни научных статей и докладов. Среди их авторов – О. В. Косик, Н. А. Кривошеева, Л. А. Головкова, А. А. Кострюков, Н. П. Зимина, О. Н. Ефремова, И. В. Воронцова, В. А. Гончаров, Т. И. Шевченко, И. И. Ковалева, К. В. Ковырзин и др. Всего в отделе работают более тридцати сотрудников, многие из которых получили в ПСТБИ-ПСТГУ богословское и историческое образование. Около половины сотрудников отдела имеют докторские и кандидатские ученые степени. Заместителем заведующего отделом является доктор церковной истории, кандидат исторических наук священник Александр Мазырин.

Виды научной деятельности отдела:

• Изучение архивных и опубликованных документов и других источников с целью создания целостной картины истории Русской Православной Церкви ХIХ–ХХ веков на основе выработанных отделом методологических принципов и подходов к изучению источников. Проведение теоретических исследований в области истории Русской Православной Церкви с привлечением знаний из других дисциплин: богословия, истории России, архивоведения, юридических наук, текстологии и др.
• Написание монографий и статей по новейшей истории Русской Православной Церкви, участие в научных конференциях. Подготовка научных изданий документов новейшей истории Русской Православной Церкви, в том числе в сотрудничестве с другими организациями.
• Формирование собственного архива документов Новейшей истории Русской Православной Церкви.
• Подготовка издания «Вестника ПСТГУ», серия II: «История. История Русской Православной Церкви.»
• Организация работы секции «Актуальные проблемы истории Русской Православной Церкви в ХХ веке» ежегодной Богословской конференции ПСТГУ, а также других конференций ПСТГУ по профилю Отдела.
• Сотрудничество с государственными, ведомственными и частными архивами на предмет выявления в их фондах документов, имеющих отношение к новейшей истории Русской Православной Церкви.
• Сотрудничество с кафедрой информатики ПСТГУ в работе над базой данных «За Христа пострадавшие».
• Содействие учебному процессу на кафедре Истории Русской Церкви, консультирование и научное руководство студенческими и аспирантскими работами, привлечение студентов и аспирантов к исследованиям, проводящимся Отделом.
• Формирование научной церковно-исторической библиотеки, работа над библиографической базой данных по новейшей истории Русской Православной Церкви.

Приоритетные направления научно-исследовательских работ Отдела:

• Жизнь и служение святителя Тихона, Патриарха Московского и всея России.
• Новомученики и исповедники Российские. Видные церковные деятели ХХ века.
• Проблемы церковно-государственных отношений новейшего периода.
• Внутренние конфликты в Русской Церкви в ХХ веке (в России и русском зарубежье).