«Верните мне свободу». Деятели литературы и искусства России и Германии – жертвы сталинского террора. Мемориальный сборник документов из архивов бывшего КГБ / Редактор-составитель В. Ф. Колязин в сотрудничестве с В. А. Гончаровым. М., Медиум, 1997.
Просим освободить из тюремного заключения. Письма в защиту репрессированных / Составители В. Гончаров, В. Нехотин. М., Современный писатель, 1998.
Суд палача. Николай Вавилов в застенках НКВД. Биографический очерк. Документы / Составители Я. Г. Рокитянский, Ю. Н. Вавилов, В. А. Гончаров. М., ACADEMIA, 1999. (Второе дополненное и исправленное издание – 2000).
Рецензия: Бабков В.В. Трагическая судьба гения. (Рецензия на книгу: Суд палача. Николай Вавилов в застенках НКВД. Биографический очерк. Документы / Составители Я. Г. Рокитянский, Ю. Н. Вавилов, В. А. Гончаров. Изд. 2-е доп. и испр. М.: Academia, 2000.) // Вестник РАН. 2000. № 12. С.1127–1130.
Андрей Платонов в документах ОГПУ–НКВД–НКГБ. 1930–1945. Публикация В. Гончарова, В. Нехотина // «Страна философов» Андрея Платонова: проблемы творчества. Выпуск 4. Юбилейный. М., ИМЛИ РАН, «Наследие», 2000.
Андрей Платонов. Технический роман. Публикация В. Гончарова, Н. Корниенко // «Страна философов» Андрея Платонова: проблемы творчества. Выпуск 4. Юбилейный. М., ИМЛИ РАН, «Наследие», 2000.
Рассекреченный Зубр. Следственное дело Н. В. Тимофеева–Ресовского / Составители Я. Г. Рокитянский, В. А. Гончаров, В. В. Нехотин. М., ACADEMIA, 2003.
Рецензия: Яблоков А.В., член-корреспондент РАН. Рассекреченный Зубр. Следственное дело Н.В. Тимофеева-Ресовского. Вступительная статья. Документы. Сост. Я.Г. Рокитянский, В.А. Гончаров, В.В. Нехотин. М.: "Academia", 2003. 576 с. // Вестник РАН. 2003. Т. 73, № 11, с. 1038-1048.
Изъятие церковных ценностей в Москве в 1922 году. Сборник документов / Составители: диак. Александр Мазырин, В. А. Гончаров, И. В. Успенский. М., Издательство ПСТГУ, 2006.
Рецензия: Казакевич А.Н. Изъятие церковных ценностей в Москве в 1922 г.: Сборник документов из фонда Реввоенсовета Республики // Отечественные архивы. 2006. № 5. С. 118 — 121.
Гвардейцы Октября. Роль коренных народов стран Балтии в установлении и укреплении большевистского строя. 1915–1938. Сборник документов и материалов / Составители: В. А. Гончаров, А. И. Кокурин. М., Индрик, 2009.
На английском: The Baltic Connection. The Role of the Native Peoples of the Baltic in the Establisment and consolidation of the Bolshevik Order. 1915–1938. Collected Documenys ang Materials. Compiled by V. A. Goncharov, A. I. Kokurin. M., 2009.
Рецензия: Быков М. Маленькие да удаленькие // «Стратегия России». № 3. 2009.
Арсеньев Иоанн, протопр. Мои воспоминания / Авторы-составители В. А. Гончаров, М. Е. Колесова. М., Изд-во ПСТГУ, 2012.
Рецензии:
Кривошеева Наталия Александровна. «Не Богу ли повинуется душа моя...» Рец: Арсеньев Иоанн, протопр. Мои воспоминания / авт.-сост. В. А. Гончаров и М. Е. Колесова. М.: Изд-во ПСТГУ, 2012. 629 с.: ил. // Вестник ПСТГУ. Серия II История. История Русской Православной Церкви. 2013. II: 6(55). С. 153-155
Тарасова В. А. Протопресвитер Иоанн Арсеньев. Мои воспоминания. // Отечественные архивы. 2013. № 4. С. 113.
«Мы все брали у него благословение…»: жизнь и служение прот. Виктора Шиповальникова / Составители прот. Владимир Воробьев, свящ. Михаил Таганов, И. В. Щелкачева. В работе над книгой принимали участие О. И. Головин (фотографии), В. А. Гончаров. М., ПСТГУ, 2012.
Русская Церковь. Век двадцатый. История Русской Церкви XX века в свидетельствах современников. В 2-х кн. / Составление, общая редакция: В. А. Гончаров. М., Эксмо : ПСТГУ, 2014.
В 2015 г. книга заняла 1 место в номинации «Лучшее издание по истории Русской Православной Церкви в ХХ веке и казачеству» на X открытом конкурсе изданий «Просвещение через книгу».
Радость кроткого любящего духа. Монастыри и монашество в русской жизни начала XX века. 1900—1939: живые голоса эпохи / Составление, общая редакция В.А. Гончаров. М., Эксмо : Православный Свято-Тихоновский гуманитарный университет, 2017.
Русская Церковь. Век двадцатый. История Русской Церкви XX века в свидетельствах современников. Т. 2: 1917 - 1939: Русская Церковь в годы гонений. В 2-х кн. / Составление, общая редакция: В. А. Гончаров. М.: ПСТГУ, 2021.
В 2021 г. книга заняла 1 место в номинации «Лучшая историческая книга» на XVI открытом конкурсе изданий «Просвещение через книгу»
Журнальные публикации:
«Освободить из-под ареста и Пунина и Гумилева и сообщить об исполнении». Публикация В. Гончарова, В. Нехотина // «Источник», № 1, 1999.
Гончаров В., Нехотин В. «Когда нас берут за горло…» Неизвестные страницы биографии поэта Николая Асеева // «Слово», № 6, 1999.
Гончаров В., Нехотин В. «Меж свечей и мной…» Неизвестные страницы биографии поэта Ивана Грузинова // «Слово», № 6, 1999.
Эвальд В. «Великая Русь Виктора Васнецова». Публикация В. Гончарова, В. Нехотина // «Русская провинция», № 4, 2000.
Академики в защиту репрессированных коллег. Публикация и примечания В. А. Гончарова, В. В. Нехотина // «Вестник РАН», № 6, 2002.
Переписка наркома иностранных дел Г. В. Чичерина с Секретариатом ЦК РКП(б) по поводу поездки Святейшего Патриарха Тихона в Англию. Вступительная статья, публикация и примечания В. А. Гончарова // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия «История. История Русской Православной Церкви», выпуск II 2(27), 2008. С. 110–115.
«Дурылин согласен дать подписку, что он никогда не будет приходским священником»: Из материалов архивно-следственного дела по обвинению С. Н. Дурылина / Публ. В. А. Гончарова, В. В. Нехотина // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия «История. История Русской Православной Церкви», выпуск II: 3(28), 2008. С. 126–138.
Романова С. Н., Гончаров В. А. «Я с детства видел горе…»: К биографии епископа Арсения (Денисова) // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия «История. История Русской Православной Церкви», выпуск II: 4(29), 2008. С. 52–69.
Гончаров В. А. Антоний (Михайловский). Архиепископ? Рец.: Антоний (Михайловский), архиеп. О личном спасении: богословское сочинение. – Ростов-на-Дону: ЗАО «Книга», 2009. – 160 с. // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия «История. История Русской Православной Церкви», выпуск II: 5 (42). 2011. С. 137-146.
«Необходимо созвать новый Вселенский Собор, и в этом ближайшая и неотложная задача Церкви». Докладная записка кафедрального протоиерея Иоанна Арсеньева Святейшему Патриарху Тихону (Беллавину). Публ., вступ. ст. и примеч. В. А. Гончарова // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия «История. История Русской Православной Церкви», выпуск II: 6 (43). 2011. С. 117-144.
«Спасибо Вам за все, а главное за свет, которого здесь очень мало». Из переписки Т.Н. Каменевой с епископом Афанасием (Сахаровым) и иеромонахом Иераксом (Бочаровым) (вст. ст., публ. и примеч. В.А. Гончарова и О.В. Косик) // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия «История. История Русской Православной Церкви», выпуск 3 (70). 2016. С. 119 – 131.
Дорогой Батюшка.... Воспоминания об отце Николае Голубцове. Начало 1960-х годов /Публикация и примечания Владимира Александровича Гончарова // Московский журнал. №6, июнь 2021.
6 мая 2019 г.: Орден Русской Православной Церкви святителя МАКАРИЯ, митрополита Московского Третьей степени.
4 июня 2014 г.: Медаль Святителя Макария, Митрополита Московского
