1. Boris Filippov. Leaving Socialism Behind: How Churches in the Post-Soviet Territories Adapted to a New Life in Russia and Poland // Latvijas Universitātes. Filozofijas un socioloģijas institūts. Reliģiski-filozofiski raksti XXV. Riga, 2019. Pp 25-45.
2. Филиппов Б. А. Павел VI и кардинал Стефан Вышиньский: Диалог о «восточной политике» Ватикана. По страницам «Pro memoria» кардинала Вышиньского // Сборник материалов Международной научной конференции «Восточная политика Ватикана, Советский Союз и Русская Православная Церковь (1958-1978)». Москва, 20-21 июня 2017 г. в печати на итальянском языке. Рим.
3. Филиппов Б. А. Об особенностях политики властей Польской Народной Республики по отношению к Польской Автокефальной Православной Церкви (1945–1989) // Прикосновение к вечности. Сборник статей исторического факультета. М.: Издательство ПСТГУ, 2017. С 100-113.
4. Филиппов Б. А.   Кардинал Стефан Вышиньский – инициатор и критик «восточной политики" Ватикана. 1958–1978 // Государство, религия, церковь в России и за рубежом. №1. 2017. С.98-122.
5. Филиппов Б.А. ПАПА ФРАНЦИСК, II ВАТИКАНСКИЙ СОБОР И НОВАЯ МОДЕЛЬ КАТОЛИЧЕСКОЙ ЦЕРКВИ Вестник ПСТГУ II: История. История Русской Православной Церкви. 2016. Вып. 1 (68). С. 102–119
6. Филиппов Б. А. Ф. Рузвельт, Пий XII, И. Сталин и проблема репутации СССР в годы Второй мировой войны, Вестник ПСТГУ. Серия II История. История Русской Православной Церкви, Вестник ПСТГУ II: 4 (71) Стр. 84 – 102
7. Филиппов Б.А.  О ВОЛНЕ ДУХОВНОГО НАПРЯЖЕНИЯ КОНЦА 60-Х ГГ. XX В. — НАЧАЛА XXI В. // Вестник ПСТГУ I: Богословие. Философия 2015. Вып. 5 (61). С. 112–130
8. Филиппов Б.А. О ВОЛНАХ И ЦИКЛАХ ДУХОВНОГО (РЕЛИГИОЗНОГО) НАПРЯЖЕНИЯ В ИСТОРИИ Вестник ПСТГУ. I: Богословие. Философия. 2015. Вып. 1 (57). С. 98–114
9. Филиппов Б. А. Церковь и государство после падения советской системы: проблемы и решения (на примере Венгрии, Польши и Чехии) // Ежегодная богословская конференция ПСТГУ. 2015. № 25. С. 65-70.
10. Филиппов Б.А. Госбезопасность против кардинала Кароля Войтылы // Вестник ПСТГУ. Серия II: История. История РПЦ. 2012. № 4 (47).
11. Филиппов Б.А. Можно ли создать христианскую этику капитализма?  •Доклад на Четвертом ежегодном Мировом общественном форуме «Диалог цивилизаций» (о. Родос) // Радонеж. 28.09.2006
12. Филиппов Б.А. Церковь и светская власть: из истории формирования взаимоотношений. Доклад Б. А. Филиппова на III Мировом общественном форуме "Диалог Цивилизаций". Родос. Окт. 2005 г. // http://rusk.ru/st.php?idar=13886
13. Филиппов Б.А. Церковь и политика: российская перспектива. Доклад. Родос. Окт. 2004 // Вестник Мирового общественного форума «Диалог цивилизаций». 2005. № 1.
14. Филиппов Б.А. Диктатор, которого мучает совесть // Россия в контексте мировой истории. СПб.: Наука, 2002.
15. Филиппов Б.А. Католическая Церковь к началу ХХI века глазами кардинала Йозефа Ратцингера // Материалы ежегодной конференции ПСТБИ. М.,2001.
16. Филиппов Б.А. Папы и проблемы прав человека // Православие и католичество. Социальные аспекты. М.: ИНИОН РАН, 1998.
17. Филиппов Б.А., Максимова Н.В. Социальное учение Католической церкви и либеральные институты // Православие и католичество. Социальные аспекты. М.: ИНИОН РАН, 1998.
18. Филиппов Б.А. Церковь и школа в демократическом обществе // Вестник РГНФ. 1997. № 1.
19. Филиппов Б.А. Церковь в правовом государстве// Ежегодная богословская конференция ПСТБИ. Материалы. М.,1997.
20. Филиппов Б.А. Государство и Церковь: детерминанты политики // Церковь и государство в русской православной и западной латинской традициях. Материалы конференции. 22-23 марта 1996. г. Спб., 1996.
21. Филиппов Б.А. Православная церковь и демократия // Ежегодная богословская конференция ПСТБИ. 1992–1996 г. М., 1996.
22. Филиппов Б.А., Каспэ С. Концепция исторического образования в русской национальной школе // Школа и мир культуры этносов. Вып.2. М.:ИНПО МО РФ,1995.
23. Филиппов Б.А. Образование и социальный порядок // Педагогика. 1995. № 1.
24. Филиппов Б.А. Кесарево. Церковь и государство в коммунистической Польше // Свободная мысль. 1994. № 10.
25. Филиппов Б.А. Иоанн Павел II: Исторический портрет // Вопросы истории. 1993. № 3.
26. Филиппов Б.А. Чувство меры, или «Я никогда не атаковал людей» // Свободная мысль. 1993. № 15.
27. Филиппов Б.А. За кулисами президентских выборов в Польше // Актуальные проблемы Европы: экономика, политика, идеология. Вып.2. М.:ИНИОН, 1991.
28. Филиппов Б.А. Польша в поисках выхода из кризиса // Мировая экономика и международные отношения. 1990. № 3 .
29. Филиппов Б.А. Церковь и молодежь в европейских социалистических странах (на примере ГДР, ВНР, ПНР и СФРЮ). М.: ИНИОН,1990. С.5-22, 31-53.
30. Филиппов Б.А. Иоанн Павел II, политик и человек // Мировая экономика и международные отношения. 1989. № 11.

Рецензии:

1. Филиппов Б. А. Исторический путь православия в Прибалтике / Рец. на: Православие в Прибалтике: религия, политика, образование 1840-е — 1930-е гг. Тарту, Издательство Тартуского университета, 2018 //Вестник ПСТГУ. Серия II. 2019. № 6. С. 153-162.
2. Филиппов Б.А. Рец. на кн.: Письма Патриарха Алексия I в Совет по делам Русской ... // Российская история. 2011. № 4. С. 214–217.
3. Филиппов Б.А. Издательская рецензия на т. 2. Письма патриарха Алексия I в Совет по делам Русской православной церкви при Совете народных комиссаров – Совете министров СССР. 1945–1970 гг.: В 2 т. / Под ред. Н.А. Кривовой; отв. сост. Ю.Г. Орлова; сост.: О.В. Лавинская, К.Г. Ляшенко. М.: РОССПЭН, 2009.

1. Филиппов Б.А. «Свидетельница Воскресения». Екатеринбург, 2004. 7 п.л.
2. Свт. Киприан, св. Максим Грек, свт. Филипп, свт. Гермоген, А. Палицын, прот. Аввакум, патриарх Никон // История России с древнейших времен до конца XVII в. Научно-популярная энциклопедия. М: АСТ, 2001.
3. Филиппов Б.А. Новое время: поиски смысла // История. 2001. № 42.
4. Филиппов Б.А. Сопротивление советскому режиму (1920-1941) // История. 2000. № 31.
   
5. Филиппов Б.А., Менская Т.Б., Клушина Ю.И. Так начиналась новая эра // История. 2000. № 1.
6. Филиппов Б.А. Место действия: Палестина // История. 2000. № 1.
7. Филиппов Б.А. Храм и священство // История. 2000. № 1.
8. Филиппов Б.А. Иудейская война // История. 2000. № 2.
9. Филиппов Б.А. Иисус из Назарета // История. 2000. № 2.
10. Филиппов Б.А. Церковь в современном демократическом государстве // История. 1999. № 28.
11. Филиппов Б.А. Из истории антисемитизма. По материалам новых исследований // История. 1997. № 34.
12. Филиппов Б.А. От авторитаризма к демократии: испанский путь /// История. 1997. № 4.
13. Филиппов Б.А. Выход из системы: польский вариант // История. 1996. № 30.
14. Филиппов Б.А. Православная церковь и советская власть // История. 1996. № 18.
15. Филиппов Б.А. Иоанн Павел II // История. 1996. № 35.

1. Михник А. Погром в Кельцах.  Два размышления о своих грехах // Континент. 2010. № 145.
   
2. Михник А. Легенда и беспокойная совесть России // Континент. 2008. № 138.
3. Колаковский Л. Свидетель коммунистического зла // Континент. 2008. № 138.
   
4. Сенкевич Б. Ошибка ватиканской бюрократии: Польским властям не стоило однозначно поддерживать высланного из России католического епископа // НГ-религия. 05.06.2002.
   
5. Мрачковска И.П. Проблемы преподавания истории в американской школе // История. 2001. № 7. 
   
6. Сухоцкая Х. Религиозное обучение в школе в конституциях и законодательстве некоторых европейских стран // Учительская газета. 1993.
7. Дравич А. Не только русская литература // Вопросы литературы. 1990. № 8.
8. Дравич А. Увидеть человека на другом берегу // Советская культура.1990. 14 апр.
9. Тишнер Ю. У истоков интегризма // Континент. № 83.