Монографии:

1. Сеченовский университет в Российской академии наук / П. В. Глыбочко, Д. А. Балалыкин, Н. П. Шок, Д. А. Цыганков и др. — Практическая медицина Москва, 2017. — 272 с.
2. Цыганков Д. А. Terra Europa: интеллектуальное пространство московских историков второй половины XIX века. — Политическая энциклопедия Москва, 2014. — 671 с.
3. Цыганков Д. А. Профессор В.И. Герье и его ученики. — РОССПЭН Москва, 2010. — 501 с.
4. Цыганков Д. А. Грановский, Тимофей Николаевич. Публичные чтения. Статьи. Письма: [Текст] / Грановский, Тимофей Николаевич; сост., авт. вступ. ст. А. А. Левандовский; авт. ком. А. А. Левандовский, В. Л. Семигин; сост. (части 3 "Письма"), авт. ком. Д. А. Цыганков. — РОССПЭН Москва, 2010. — 670 с.
5. Цыганков Д. А. В.И. Герье и Московский Университет его эпохи. Вторая половина XIX-начало XX вв. — Издательство Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета Москва, 2008. — 260 с.

Программы курсов:

1. Цыганков Д. А. Актуальные проблемы исторической науки. Программа курса. — ПСТГУ Москва, 2013. — 30 с.
2. Цыганков Д. А. История исторической науки. Программа курса. — ПСТГУ Москва, 2012. — 26 с.

Статьи:

1. Обретая В.И. Герье: достижения исследовательской литературы последних лет // Владимир Иванович Герье: у истоков высшего женского образования. Материалы межвузовской научно-практической конференции. Московский педагогический государственный университет. — МПГУ Москва, 2019. — С. 4–12.
2. Цыганков Д. А. Robert wipper and the community of the moscow historians in pre-revolution time // Вестник Санкт-Петербургского университета. Серия 2. История. — 2019. — Vol. 64, no. 1. — P. 222–234.
3. Цыганков Д. А., Наумов П. Ю. Ученики П Г Виноградова // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия 2: История. История Русской Православной Церкви. — 2019. — Т. 89, № 4. — С. 115–147.
4. Цыганков Д. А. Маленькие люди русского подполья. Рецензия на книгу: Кириллов В. Л. Революционный терроризм, которого не было. Тайное общество Сморгонская академия в русском революционном движении 1860-х гг. // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия 2: История. История Русской Православной Церкви. — 2018. — Т. 83, № 4. — С. 149–155.
5. Цыганков Д. А. Заграничные стажировки московских всеобщих историков в последней четверти XIX века // Прикосновение к вечности. Сборник статей. — Издательство Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета Москва, 2017. — С. 220–246.
6. Цыганков Д. А. Юбилейные истории // Московский университет. 1755-1930. Юбилейный сборник. Репринтное издание. — Издательство Московского университета Москва, 2017. — С. V–XIII.
7. Цыганков Д. А. М.С. Корелин как преподаватель высшей школы // Клио. — 2017. — Т. 130, № 10. — С. 167–174.
8. Цыганков Д. А. Авторитет учителя и научные конфликты в сообществе московских историков в конце XIX- начале ХХ вв. // Клио. — 2016. — Т. 116, № 8. — С. 54–61.
9. Цыганков Д. А. В.И. Герье о Московской городской думе // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия 2: История. История Русской Православной Церкви. — 2016. — Т. 71, № 4. — С. 139–149. Цыганков Д. А. Университетская повседневность на страницах дневника Михаила Корелина // Вестник Санкт-Петербургского университета. Серия 2. История. — 2016. — № 3. — С. 120–134.
10. Цыганков Д. А. Галопом по Европам // Родина. — 2016. — № 8. — С. 102–103.
11. Андреев А. Ю., Цыганков Д. А. Преподавание церковно-богословских дисциплин и подготовка историков в Императорском Московском университете // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия 2: История. История Русской Православной Церкви. — 2016. — Т. 68, № 1. — С. 70–97.
12. Цыганков Д. А. Протоиерей Александр Михайлович Иванцов-Платонов и историки Московского университета // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия II: История. История Русской Православной Церкви. 2015. № 1. С. 137–149. (в соавторстве с Ильяшенко Н.А.).
13. Цыганков Д. А. Благотворители и благотворительность в жизни В. И. Герье // XXV Ежегодная богословская конференция Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета: Материалы. — Издательство ПСТГУ Москва, 2015. — С. 230–233.
14. Цыганков Д. А. Попечитель Императорского университета в системе народного просвещения Российской империи первой половины XIX в. // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия II: История. История Русской Православной Церкви. 2015. № 4. С. 70–97. (в соавторстве с Андреевым А.Ю.).
15. Цыганков Д. А. Семинар как место исследования в Московском университете второй половины XIX в. // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия II: История. История Русской Православной Церкви. 2014. № 4. С. 117–132.
16. Цыганков Д. А. Упившись винами до бесстыдства // Родина. 2014. № 9. С. 73–76.
17. Цыганков Д. А. Московская школа историков в научной литературе // История мысли. Русская мыслительная традиция / Под ред. И.П. Смирнова. — Т. 6. — Буки Веди Москва, 2013. — С. 79–102.
18. Цыганков Д. А. К истории научных контактов В. И. Герье и В. П. Бузескула // Харківський історіографічний збірник. Х., 2012. Вип. 11. С. 259–271.
19. Цыганков Д. А. Воспоминания профессора В.И. Герье. 1894 год в истории Московского университета. Публикация и вступительная статья // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия II. 2011. № 1 (38). С.131–152.
20. Цыганков Д. А. М. К. Любавский и организация 200-летнего юбилея со дня рождения М.В. Ломоносова в Московском университете // Вестник Московского университета. Серия 8. История. 2011. № 5. С. 95–113.
21. Цыганков Д. А. Формирование профессорской субкультуры в России второй половины XIX в. и миф о Т.Н. Грановском // XXI Ежегодная Богословской конференция Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. М., 2011. Т. 2. С. 123–125.
22. Цыганков Д. А. К вопросу о причинах частной благотворительности на нужды образования в Москве // XX Ежегодная Богословской конференция Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. М., 2010. Т. 2. С. 86–88.
23. Цыганков Д. А. Попечитель в России: между ценностями европейской науки и государственной службы // Полиэтничность России в контексте исторического дискурса и образовательных практик XIX–XXI вв.: сб. ст. науч. конф. (III Арсентьевские чтения). Чебоксары, 2010. C. 551–565.
24. Цыганков Д. А. Традиции Т. Н. Грановского и формирование «московской школы историков»: складывание профессиональной научной среды в Московском университете как проблема трансфера культур // «Быть русским по духу и европейцем по образованию». Университеты Российской империи в образовательном пространстве Центральной и Восточной Европы XVIII-XX в. М., 2009. С. 244-263.
25. Цыганков Д. А. Московский университет в городском пространстве начала XX в. // Университет и город в России (начало ХХ века) / Под ред. Труде Маурер и А. Дмитриева. М., 2009. С. 371-460.
26. Цыганков Д. А. Письма к учителю (письма М.С. Корелина к В.И. Герье) // История и историки. 2005. Историографический вестник. М., 2006. С. 298–360 (вступительная статья и публикация).
27. Цыганков Д. А. Исследовательские традиции московской и петербургской школ историков // История мысли. Русская мыслительная традиция. М., 2005. С.66–77.
28. Цыганков Д. А. Общества по изучению истории в Московском университете // ВМУ. Серия 8. История. 2004. № 2. С. 95–105 (в соавторстве с А.Ю. Андреевым).
29. Цыганков Д. А. Профессор всеобщей истории В.И. Герье (1837–1918) // Новая и новейшая история. 2002. № 5. С. 219–230.
30. Цыганков Д. А. История как наука и философия истории в трудах В.И. Герье // История мысли. М., 2002. С. 81–92.
31. Цыганков Д. А. Корелин Михаил Сергеевич // Отечественная история: История России с древнейших времен до 1917 года. Т. 3. К – М. 2000. С. 43.
32. Цыганков Д. А. Традиции Грановского… // Труды научной конференции студентов и аспирантов «Ломоносов-99». История. Сборник тезисов. М., 1999. С. 74–76.
33. Цыганков Д. А. Студенты-старообрядцы в Московском университете // Мир старообрядчества. Вып. 5. М., 1999. С. 100–117.

Научное редактирование:

Епископ Уссурийский Иннокентий (Ерохин). Русская Православная Церковь в Уссурийском крае: очерки по истории Владивостокской епархии (вторая половина XIX в. – 1917 г.). М.: Изд-во ПСТГУ, 2012.

Рецензии

Феофанов А. М. Студенчество Московского университета XVIII – первой четверти XIX века. М.: Изд-во ПСТГУ, 2011. // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия II. 2012. № 1. С. 137–140.

Энциклопедии, словари:

1. Цыганков Д. А. Новиков Михаил Михайлович // Большая Российская энциклопедия. — Т. 23 из БРЭ. — Научное издательство "Большая Российская энциклопедия" Москва, 2013. — С. 173–174.
2. Цыганков Д. А. Самарин Юрий Федорович // Московская энциклопедия. Том 1. Лица Москвы. Кн. 4. — Т. 1 из Книга 4. — Фонд Московские энциклопедии Москва Москва, 2012. — С. 149–150.
3. Цыганков Д. А. Тургенев Иван Петрович // Московская энциклопедия. Т. I. Лица Москвы. Кн. 4. — Т. 1. — Москва, 2012. — С. 665–665.
4. Цыганков Д. А. Любавский Матвей Кузьмич // Большая Российская энциклопедия: В 30 т. — Т. 18. — "Большая Российская энциклопедия" Москва, 2011. — С. 213–214.
5. Цыганков Д. А. Р.Ю. Виппер его путь в советскую историческую науку // История и историки в пространстве национальной и мировой культуры XVIII – начала XXI вв. — Энциклопедия Челябинск, 2011. — С. 241–245.
6. Андреев А. Ю., Цыганков Д. А. Императорский Московский университет: 1755-1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — 894 с.
7. Цыганков Д. А. Алехин Александр Александрович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 22–22.
8. Тришкан И. Е., Цыганков Д. А. Бахрушин Сергей Владимирович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 58–59.
9. Цыганков Д. А. Виноградов Павел Гаврилович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 127–129.
10. Цыганков Д. А. Виппер Роберт Юрьевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 129–130.
11. Цыганков Д. А. Герье Владимир Иванович // Российский либерализм середины XVIII - начала XX века. Эницклопедия. — Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН) М Москва, 2010. — С. 174–175.
12. Цыганков Д. А. Герье Владимир Иванович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 157–161.
13. Цыганков Д. А. Гревс Иван Михайлович // Российский либерализм середины XVIII - начала XX века. Эницклопедия. — Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН) М Москва, 2010. — С. 230–231.
14. Цыганков Д. А. Ешевский Степан Васильевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 239–240.
15. Цыганков Д. А. Исаков Николай Васильевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 276–277.
16. Цыганков Д. А. Историческое общество // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 280–281.
17. Цыганков Д. А. Капнист Павел Алексеевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 297–298.
18. Цыганков Д. А. Кареев Николай Иванович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 305–307.
19. Цыганков Д. А. Ключевский Василий Осипович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 330–332.
20. Цыганков Д. А. Корелин Михаил Сергеевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 348–349.
21. Цыганков Д. А. Корш Федор Евгеньевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 352–353.
22. Цыганков Д. А. Кудрявцев Петр Николаевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 367–368.
23. Цыганков Д. А. Левшин Дмитрий Сергеевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 379–380.
24. Цыганков Д. А. Лузин Николай Николаевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 399–400.
25. Цыганков Д. А. Любавский Матвей Кузьмич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 404–405.
26. Цыганков Д. А. Мануйлов Александр Аполлонович // Российский либерализм середины XVIII - начала XX века. Эницклопедия. — Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН) М Москва, 2010. — С. 564–566.
27. Цыганков Д. А. Мануйлов Александр Аполлонович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 419–422.
28. Цыганков Д. А. Новиков Михаил Михайлович // Российский либерализм середины XVIII - начала XX века. Эницклопедия. — Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН) М Москва, 2010. — С. 641–642.
29. Цыганков Д. А. Новиков Михаил Михайлович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 503–505.
30. Цыганков Д. А. Петрушевский Дмитрий Моисеевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 554–555.
31. Цыганков Д. А. Погодин Михаил Петрович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 571–572.
32. Андреев А. Ю., Цыганков Д. А. Профессорские стипендиаты // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010.
33. Цыганков Д. А. Самарин Юрий Федорович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 637–639.
34. Цыганков Д. А. События 1911 года // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 666–668.
35. Цыганков Д. А. Соловьев Сергей Михайлович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 677–680. в соавторстве с Д.А. Гутновым.
36. Гутнов Д. А., Цыганков Д. А. Соловьев Сергей Михайлович // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 677–680. Биографическая статья о жизни и творчестве профессора С.М.Соловьева.
37. Цыганков Д. А. Устав 1863 года // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 744–747.
38. Цыганков Д. А. Устав 1884 года // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 747–747.
39. Андреев А. Ю., Цыганков Д. А. Ученые степени и звания // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 752–753. совместно с А.Ю. Андреевым.
40. Цыганков Д. А. Щепкин Евгений Николаевич // Императорский Московский университет: 1755–1917. Энциклопедический словарь. — РОССПЭН Москва, 2010. — С. 855–856.
41. Цыганков Д. А. Щепкин Евгений Николаевич // Российский либерализм середины XVIII - начала XX века. Эницклопедия. — Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН) М Москва, 2010. — С. 1042–1042.
42. Цыганков Д. А. Герье Владимир Иванович // Большая Российская энциклопедия: В 30 т. — Т. 7. — "Большая Российская энциклопедия" Москва, 2007. — С. 28–28.
43. Цыганков Д. А. Герье Владимир Иванович // Большая Российская энциклопедия: В 30 т. — Т. 7. — "Большая Российская энциклопедия" Москва, 2007. — С. 28–28.
44. Цыганков Д. А. Герье курсы // Большая Российская энциклопедия: В 30 т. — Т. 7. — "Большая Российская энциклопедия" Москва, 2007. — С. 28–28.
45. Цыганков Д. А. Герье курсы // Большая Российская энциклопедия: В 30 т. — Т. 7. — "Большая Российская энциклопедия" Москва, 2007. — С. 28–28.
46. Цыганков Д. А. Барсков Яков Лазаревич // Большая Российская Энциклопедия. — Т. 3. — БРЭ Москва, 2005. — С. 70–70.
47. Цыганков Д. А. Бахрушин Сергей Васильевич // Большая Российская Энциклопедия. — Т. 3. — БРЭ, 2005. — С. 128–128.
48. Цыганков Д. А. Герье Владимир Иванович // Общественная мысль России XVIII – начала XX века. Энциклопедия. — Российская политическая энцик-лопедия. (РОССПЭН) М, 2005. — С. 106–107.
49. Цыганков Д. А. Кареев Николай Иванович // Общественная мысль России XVIII – начала XX века. Энциклопедия. — Российская политическая энцик-лопедия. (РОССПЭН) М, 2005. — С. 195–196.
50. Цыганков Д. А. Корелин Михаил Сергеевич // Отечественная история: История России с древнейших времен до 1917 года. — Т. 3. — Большая российская энциклопедия Москва, 2000. — С. 43–43.

Выступление в СМИ:

• 29 июня 2017 г. Бес свободы: Московский университет после 1917 года (Видеолекторий Российской государственной библиотеки)
• 23 января 2015 г. Студенты в России ("Русская служба новостей", портал Life.ru. )
• 28 июля 2013 г. Традиции Российского образования ("365 дней ТВ")
• 24 февраля 2013 г. Традиции Т.Н. Грановского и устав 1863 года (Телеканал "Видеолекторий Знание о России" Президентской библиотеки)
• 1 сентября 2012 г. Московский пожар 1812 года ("365 дней ТВ")/li>
• 27 мая 2012 г. Профессора Московского университета. Т.Н. Грановский. ("365 дней ТВ")
• 27 мая 2012 г. Студенты и революция ("365 дней ТВ")